Zbliżanie się wojsk Armii Czerwonej do Gdyni wymusiło na załodze SS podobozu KL Stutthof w Gdyni ewakuowanie więźniów drogą morską. Od 16 października 1944 r. przebywali w poddobozie KL Stutthof utworzonym przy obecnej ulicy Energetyków 11, gdzie byli zatrudniani na terenie stoczni Deutsche Werke Kiel w Gdyni, w Babich Dołach oraz przy pracach na terenie miasta. Po dwóch nieudanych próbach ewakuacji 8 i 14 marca 1945 r. ostatecznie wyprowadzono 700 więźniów za bramę 25 marca. Podczas drogi do nabrzeża zbiegło kilkudziesięciu więźniów.
W porcie w Gdyni 618 więźniów różnych narodowości załadowano na dwa statki niemieckie „Elbing” i „Zephyr”. Pierwszy mając na pokładzie 250 więźniów pod nadzorem komendanta Oberschfuhrera SS Josefa Bock, dopłynął do portu w Hamburgu 29 marca 1945 r. Więźniów z Gdyni doprowadzono do podobozu KL Neuengamme mieszczącego się przy Spaldingstrasse w Hamburgu, skąd codziennie wyprowadzano ich do pracy przy odgruzowywaniu miasta po nalotach alianckich. Na rozkaz Gruppenführera SS hr Bassewitz -Behr wyższego dowódcy SS i Policji 17 kwietnia zostali ewakuowani z innymi więźniami KL Neuengamme do obozu jenieckiego X-B w Sandbostel. 28 kwietnia żołnierze armii brytyjskiej zajęli obóz, znajdując na jego terenie wielu zmarłych z głodu, wycieńczenia i chorób, wśród których znajdowali się więźniowie z KL Stutthof z Gdyni. Drugi statek „Zephyr” z 368 więźniami i 30 osobową eskortą na pokładzie, uległ awarii na wysokości Świnoujścia, po naprawie której dopłynął do śluz Kanału Kilońskiego, zaminowany kanał uniemożliwiał dalszy rejs. 2 kwietnia 1945 r. esesmani doprowadzili więźniów do obozu pracy „Nordmark” w Kiel – Hasse, skąd 7 kwietnia zostali ewakuowani transportem kolejowym do obozu głównego KL Neuengamme pod Hamburgiem. Stamtąd część chorych więźniów z Gdyni wywieziono drogą kolejową do obozu jenieckiego X-B w Sandbostel. Pozostałych dołączono w drugiej połowie kwietnia do transportu więźniów do Lubece, gdzie zostali zaokrętowani i uwięzieni przez esesmanów razem z więźniami KL Neuengamme na statkach „Cap Arcona” i „Athen”.
W wyniku zbombardowania przez eskadry bojowe brytyjskiego lotnictwa statków: „Cap Arcona”, „Thielbek” i „Deutschland” zakotwiczonych z dala od brzegu na redzie Zatoki Lubeckiej, 3 maja 1945 r. zginęło 7 tysięcy więźniów, ocalało 400 więźniów. Wśród ofiar znajdowali się również więźniowie KL Stutthof ewakuowani z Gdyni, w tym gdyńscy harcerze Szarych Szeregów ZWZ-AK : Bogusław Adamczyk, Witold Nitecki, Stanisław Sułkowski.
Zbombardowania uniknął statek „Athen”, który otrzymał rozkaz wpłynięcia do portu w Neustadt w celu zabrania na pokład dalszych więźniów, którzy przybyli z KL Stutthof i uciekli w nocy z 2/3 maja przecinając liny łączące barki Wolfgang” i „Vaterland” ze statkami „Cap Arcona” i „Thielbek”. 3 maja po godzinie 15 do miasteczka wkroczyły jednostki armii angielskiej. Esesmani uciekli, zabijając wcześniej 200 więźniów ze Stutthof, którzy nie mieli sił opuścić barek. Pozostałymi więźniami zaopiekowali się Anglicy, ok 700 trafiło na leczenie do Szwecji.
Spośród więźniów z podobozu w Gdyni jedynie kilku ocaliło życie i wróciło po wojnie do miasta.
