Inicjatorem powstania obozu w Sztutowie był Albert Forster, szef NSDAP w Wolnym Mieście Gdańsku. Lokalizacja obozu Stutthof położonego w granicach Wolnego Miasta Gdańska na Żuławach, po prawej stronie ujścia Wisły do Bałtyku, w linii prostej oddalonego ok. 4 km od morza i 32 km na wschód od Gdańska, otoczonego ze wszystkich stron wodą i liczną siecią kanałów melioracyjnych, dodatkowo osłoniętego lasem od strony drogi z Krynicy Morskiej do Mikoszewa, pozwalała na zamaskowanie prawdziwego charakteru jego działalności, uniemożliwiała więźniom ucieczki i ewentualną pomoc od zamieszkującej ten teren ludności niemieckiej. Prace przy jego wznoszeniu rozpoczęły się w lipcu 1939 roku. Pierwszy transport liczący ok. 150 więźniów, przybył do obozu 2 września 1939 roku.
W ponad pięcioletniej historii zmieniano trzykrotnie nazwę obozu: z „Zivilgefangenenlager Stutthof” (przejściowy obóz dla jeńców cywilnych od 2 września 1939 r. do 30 września 1941 r.), na „Arbeitserziehungslager” (obóz pracy wychowawczej od 1 października do 6 stycznia 1942 r.) i „Konzentrationslager” (obóz koncentracyjny od 7 stycznia 1942 – 9 maja 1945 podlegający centrali obozów koncentracyjnych w Oranienburgu). Zmiany organizacyjne nie miały jednak większego znaczenia dla więźniów, dla których pobyt w tym obozie często kończył się śmiercią. Heinrich Himmler w liście do Richarda Hildebrandta Wyższego dowódcy SS i Policji w okręgu Gdańsk – Prusy Zachodnie przyznał, że od początku działalności w obozie Stutthof zostały stworzone rygory i warunki odpowiadające obozom koncentracyjnym. Od czerwca do listopada 1944 w obozie realizowano program „Endlösung”- ostatecznego rozwiązania kwestii żydowskiej poprzez uśmiercanie Żydów w komorze gazowej, specjalnym wagonie kolejowym, zastrzykami z fenolu, strzałem w tył głowy.
Przez Stutthof i podległe mu podobozy w latach 1939-45 przeszło ok. 110 tysięcy więźniów, obywateli 26 krajów europejskich, b.ZSRR, USA i Turcji. Wśród więźniów najliczniejszą grupą narodowościową byli Żydzi, natomiast największe grupy państwowe stanowili Polacy, obywatele Związku Radzieckiego, Węgrzy i Niemcy. W wyniku bicia, tortur, rozstrzeliwania, wieszania, uśmiercania w komorze gazowej za pomocą cyklonu B, zastrzykami z fenolu oraz niewolniczej pracy, złych warunków higienicznych i sanitarnych, niewystarczającej pomocy i opieki medycznej, eksperymentów medycznych, szykan, niedożywienia, braku odpowiedniego ubioru i chorób, epidemii tyfusu plamistego oraz podczas ewakuacji męczeńską śmierć poniosło 65 tysięcy osób.
25 stycznia 1945 roku hitlerowcy, świadomi zbliżającego się końca wojny rozpoczęli ewakuację KL Stutthof drogą lądową. Każdego dnia więźniowie pokonywali ok. 20 km trasy, osoby, które z powodu wycieńczenia nie nadążały za resztą grupy, zabijano na miejscu. W wyniku 11-dniowego marszu zginęło ponad 2 tysiące więźniów. Około 2 tysiącom udało się zbiec.
Ewakuacja morska ostatnich pozostałych przy życiu więźniów KL Stutthof była konsekwencją rozkazu Heinricha Himmlera, który 14 kwietnia 1945 r. dla komendantów o niepoddawaniu obozów koncentracyjnych i o ewakuacji z nich więźniów w taki sposób, aby żaden z nich nie dostał się żywy w ręce wroga. Osobą odpowiedzialną za wprowadzenie rozkazu w życie przed H. Himmlerem, był Gruppenfiihrer SS F. Katzmann – Wyższy Dowódca SS i Policji w Okręgu Rzeszy Gdańsk – Prusy Zachodnie, który nadzorował ewakuację więźniów KL Stutthof od 25 stycznia do maja 1945 r. Decyzja o ewakuacji morskiej została podjęta w sytuacji, kiedy obóz objęty kwarantanną z powodu epidemii tyfusu plamistego, a komendant SS-Sturmbannführer Paul Werner Hoppe po opuszczeniu obozu 4 kwietnia 1945 r. wraz z grupą esesmanów, 15 kwietnia złożył w centrali obozów koncentracyjnych w Oranienburgu sprawozdanie o rozwiązaniu KL Stutthof.
Rejsu Śmierci, bo tak nazwano ewakuację drogą morską, nie przeżyła połowa ewakuowanych.
Wojska niemieckie opuściły teren obozu 8 maja 1945 roku. W nocy z 8 na 9 maja na teren obozu wkroczyli żołnierze 48. Armii 3. Frontu Białoruskiego, gdzie zastali jeszcze ponad 150 nieewakuowanych więźniów.
